Paddington Peru'da, Paddington'ın hikayesini Peru'ya götürüyor; Paddington, sevgili teyzesi Lucy'yi ziyaret etmek için geri dönüyor ve şu anda Bear Emeklilik Evi'nde yaşıyor. Brown ailesi de yanlarındayken, bir gizem onları Amazon yağmur ormanları boyunca ve Peru'nun dağ zirvelerine doğru beklenmedik bir yolculuğa çıkarırken heyecan verici bir macera başlıyor.